Kementerian Kesehatan memperkuat pemantauan varian baru dengan meningkatkan kapasitas pemeriksaan pengurutan keseluruhan genom. Bisa menganalisa 96 spesimen dalam waktu satu pekan.
Pemeriksaan dengan metode pengurutan keseluruhan genom atau whole genome sequencing (WGS) merupakan bagian dari pilar percepatan penanggulangan pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), khususnya pada tahapan deteksi kasus. Kebutuhan tes ini muncul sejak munculnya varian Alfa dari Inggris sehingga dibutuhkan peningkatan kewaspadaan dan deteksi terhadap keberadaan strain virus tersebut.
Menurut Dr. dr. Vivi Setiawaty, M. Biomed, Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Indonesia sudah punya kapasitas untuk melakukan pemeriksaan tersebut tapi pada awalnya sangat terbatas karena hanya menggunakan kapasitas yang ada di Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Kementerian Kesehatan dan Lembaga Biologi Molekuler Eijkman. “Semua mengerjakan tapi sporadis. Misalnya, Universitas Gadjah Mada mengerjakan sendiri. Begitu juga Laboratorium Kesehatan Daerah Jawa Barat dan lainnya,” kata Vivi kepada Mediakom pada Jumat, 18 Juni lalu.
Penguatan pemeriksaan ini terus dilakukan dengan pembentukan konsorsium surveilans genom yang beranggotakan beberapa institusi yang memiliki kemampuan untuk melakukan pengurutan genom. “Konsorsium dibentuk di awal Januari antara Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional dan Kementerian Kesehatan pada saat itu. Kemudian dibuatlah perjanjian kerja sama. Nah, di situ kami sama-sama saling berbagi, berkolaborasi, dan bersinergi,” kata Vivi.
Peningkatan kapasitas pemeriksaan juga dilakukan dengan adanya pelatihan serta pemenuhan reagen dan peralatan untuk mendukung tercapainya minimal target Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), yaitu 600 spesimen per bulan. Kementerian Kesehatan juga membangun jejaring dengan para pakar dalam negeri dan mitra internasional seperti WHO, termasuk untuk memantau secara ketat perkembangan situasi mutasi virus SARS-COV2 penyebab penyakit COVID-19, baik secara global maupun regional.
“Sampai saat ini sudah ada 17 laboratorium yang melakukan pemeriksaan, tapi yang punya alat memang baru sekitar 11 laboratorium. Tapi, kita lakukan kolaborasi. Jadi, meskipun tidak punya alat, mereka tetap melakukan preparasi spesimen,” kata Vivi.
Menurut Vivi, pemeriksaan WGS dimulai dari uji kualitas spesimen dan dilanjutkan dengan preparasi laboratorium (ekstraksi spesimen). Setelah preparasi selesai, spesimen masuk ke dalam mesin selama 24 jam dan melewati serangkaian algoritma tertentu sampai keluar hasil analisa apakah spesimen itu mutasi atau tidak. “Pada mulanya, mungkin dua sampai tiga minggu kita baru selesai (memeriksa). Kalau sekarang sudah bisa 96 spesimen dalam waktu satu minggu selesai sampai analisanya,” kata dia.
